Tự Đức là một vị vua chăm chỉ về việc trị dân, ngay từ năm Canh Tuất (1850) vua sai Nguyễn Tri Phương làm Kinh lược Đại sứ 6 tỉnh Nam Kỳ, Phan Thanh Giản làm Kinh lược Đại sứ Bình Định, Phú Yên, Khánh Hòa và Bình Thuận, Nguyễn Đăng Giai làm Kinh lược Đại sứ Hà Tĩnh, Nghệ An, Thanh Hóa. Các đại thần này đi khám xét công việc các quan lại và sự làm ăn trong dân gian, có điều gì hay dở phải dâng sớ tâu về Kinh đô cho vua biết.[7]

Dù vậy, tại Bắc Kỳ có 40 cuộc nổi loạn dưới triều Tự Đức.[7] Chỉ có vài ba năm đầu còn hơi yên trị, từ năm 1851 trở đi, trong nước ngày càng nhiều cuộc nổi loạn. Bắc Kỳ là nơi nhiều loạn nhất, bởi vì đây là đất của tiền triều Hậu Lê, nhiều người tưởng nhớ đến tiền triều, nên chỉ những người muốn làm loạn, hoặc tự nhận là hậu duệ triều Hậu Lê, hoặc tìm một người giả nhận dòng dõi nhà Hậu Lê, rồi tôn lên làm minh chủ để lấy cớ mà khởi sự.[7]

Bấy giờ, ở Trung Quốc có quân Thái Bình Thiên Quốc nổi lên đánh nhà Thanh, đến khi tan vỡ thì tàn quân Thái Bình Thiên Quốc tràn sang Đại Nam cướp phá ở miền thượng du, quan quân nhà Nguyễn phải đi đánh dẹp rất phiền phức.[7][8] Ở trong nước thì thỉnh thoảng lại có tai biến như nước lụt, đê vỡ,... Ở Hưng Yên, đê Văn Giang vỡ 18 năm liền, cả huyện Văn Giang trở thành bãi cát bỏ hoang, nhân dân đói khổ, nghề nghiệp không có, bởi thế nên người đi làm giặc ngày càng nhiều.[7]

Quân Tam Đường

Năm 1851, có nhóm giặc Khách là Quảng Nghĩa Đường, Lục Thắng Đường, Đức Thắng Đường,... tục gọi là giặc Tam Đường quấy nhiễu ở mặt Thái Nguyên. Vua Tự Đức sai Nguyễn Đăng Giai ra kinh lược ở Bắc kỳ. Giai đã dùng cách khôn khéo dụ được quân nổi loạn về hàng. Bởi vậy trong hạt lại được yên một độ. Nhưng đến năm 1854, Nguyễn Đăng Giai qua đời, Bắc kỳ lại có loạn.[7]

Quân Châu Chấu

Năm 1854, năm Tự Đức thứ 7, ở tỉnh Sơn Tây có một nhóm người đem Lê Duy Cự là hậu duệ của triều Lê ra lập làm minh chủ để khởi sự đánh nhà Nguyễn. Lúc bấy giờ có Cao Bá Quát, người làng Phú Thụy, huyện Gia Lâm, tỉnh Bắc Ninh thi đỗ cử nhân, ra làm quan, được bổ chức Giáo thụ phủ Quốc Oai (Sơn Tây). Cao Bá Quát là một nhà văn, nhà thơ lỗi lạc ở Bắc Kỳ, mà cứ bị quan trên đè nén, cho nên bức chí, từ quan lui về dạy học, rồi theo nhóm người ấy xưng làm Quốc sư để dấy loạn ở vùng Sơn Tây và Hà Nội.[2]

Lúc đầu nghĩa quân giành được một số thắng lợi ở Sơn Tây, Nam Định nhưng sau đó thì bị quân triều đình đánh tan. Theo Thư mục chính biên thì Cao Bá Quát bị bắn chết trong một trận đánh năm 1855, nhưng theo Việt Nam sử lược thì Quát bị quan Phó Lãnh binh tỉnh Sơn Tây là Lê Thuận đánh bắt được và đem về chém tại làng.[7] Vua Tự Đức ra lệnh cho tru di tam tộc dòng họ Cao.

Bởi vì tháng 5 ấy ở tỉnh Bắc Ninh và Sơn Tây có nhiều châu chấu phá hoại mùa màng, đến cuối năm lại có cuộc khởi nghĩa của Lê Duy Cự, nên tục gọi là giặc Châu Chấu.[7][9]

Sau khi Cao Bá Quát chết, Lê Duy Cự còn quấy rối đến mấy năm sau mới dẹp yên được.[7]

Khởi nghĩa Lê Duy Phụng

Khởi nghĩa Lê Duy Phụng là tên gọi của cuộc nổi dậy do Lê Duy Phụng, trước đã từng tham gia trong lực lượng Pháp tiến đánh Nam Kỳ, lãnh đạo chống triều đình nhà Nguyễn ờ vùng ven biển Bắc Kỳ từ năm 1861 đến 1865. Cuộc nổi dậy đã được các lực lượng nông dân khởi nghĩa, các nhóm giặc cỏ ở khắp Bắc Kỳ như Hải Dương, Bắc Ninh, Sơn Tây, Thái Nguyên, Tuyên Quang, Thanh Hóa, Nghệ An cũng như hải tặc ngoài biển ủng hộ nhiệt liệt, lan rộng khắp miền Bắc cho quân Pháp rảnh tay ở Nam Kỳ.

Hồng Bảo mưu giành ngôi

Theo lẽ thường, sau khi vua Thiệu Trị qua đời, ngôi vua sẽ được truyền cho người con trưởng là Nguyễn Phúc Hồng Bảo (1825 - 1854). Thế nhưng, khi vua Thiệu Trị mất, liền ngày ấy, các hoàng thân và các quan văn võ họp tại điện Cần Chánh để tuyên đọc di chiếu, theo đó hoàng tử thứ hai là Phúc Tuy công Nguyễn Phúc Hồng Nhậm được lập lên ngôi. Hồng Nhậm khóc lạy lãnh mạng. Di chiếu đọc chưa dứt, An Phong công (Hồng Bảo) phẫn uất thổ huyết hơn một đấu, nằm vật ngã giữa điện đình. Lúc làm lễ đăng quang, mấy người phải đỡ ông dậy, nghi lễ mới hoàn tất.[10]

Lý do Hồng Bảo bị phế truất, sử nhà Nguyễn chép lời trăng trối lúc lâm chung của Thiệu Trị nói với các đại thần Trương Đăng Quế,[11] Võ Văn Giải, Nguyễn Tri Phương và Lâm Duy Tiếp:

Dù vậy, Hồng Bảo không tin đây là ý của vua cha mà là do Trương Đăng Quế bày mưu, nên quyết chí báo thù người gây ra.[13] và tìm cách giành lại ngôi báu.

Quân Chày Vôi

Vào tình hình trước nguy cơ bị thực dân Pháp đô hộ. Đoàn Hữu Trưng, là một người có học thức, tin rằng vua Tự Đức bất tài và nghĩ rằng vua Hồng Bảo nếu được lên ngôi thì sẽ giải quyết được tình hình nguy cấp như hiện giờ. Trưng đứng về phía chủ chiến chống Pháp thay vì hòa. Ông còn phản Tự Đức vì Tự Đức không chịu cải cách đất nước. Do các người dân tham gia cuộc nổi dậy này đa số dùng chày vôi nên họ còn được gọi là quân chày vôi.

Giặc Khách ở Bắc kỳ

Giữa thế kỷ 19, vùng Tây Bắc Đại Nam ngày càng mất ổn định. Sau khi cuộc khởi nghĩa Thái Bình Thiên Quốc bị nhà Thanh đàn áp, nhiều nhóm tàn quân của Thái Bình Thiên quốc tản mác và bỏ xuống phía nam, hoạt động ở vùng núi miền bắc Đại Nam theo diện hoạt động thổ phỉ. Tình hình biên giới hai nước Đại Nam và Đại Thanh càng phức tạp, nhiều giặc giã, nhưng quân đội triều đình nhà Nguyễn lại không đủ sức đánh dẹp được, nên buộc phải đồng ý cho quân Nhà Thanh vào miền Bắc để bình định vùng biên giới.

Năm 1868, cuộc nổi dậy của Ngô Côn bị dẹp tan, số tàn quân dạt sang Đại Nam và trở thành những đám phỉ thi nhau cướp bóc dọc biên giới ở vùng Cao Bằng, Lạng Sơn, Tuyên Quang… trong đó mạnh nhất là quân Cờ Vàng của Hoàng Sùng Anh. Nhằm truy quét tiêu diệt triệt để toán phỉ này, từ năm 1869, nhà Thanh đã nhiều lần phái tướng Phùng Tử Tài đưa quân sang Đại Nam phối hợp với quân nhà Nguyễn và quân Cờ Đen của Lưu Vĩnh Phúc đánh quân Cờ Vàng.

Năm 1868, Ngô Côn cho quân đánh chiếm thành Cao Bằng, nhà Nguyễn phải cử quan tổng đốc Phạm Chí Hương viết thư sang nhà Thanh xin cho quân sang tiễu trừ. Triều đình Mãn Thanh đã cho Phó tướng Tạ Kế Quý đem quân sang phối hợp với Ông Ích Khiêm và quan đề đốc Nguyễn Viết Thành đánh đuổi nhưng không được. Đến tháng 7 năm 1868, quân tướng nhà Thanh và Triều Nguyễn lại cùng nhau phối hợp đánh quân Cờ Vàng do Ngô Côn cầm đầu ở Thất Khê nhưng thất bại; trong trận này tham tán Nguyễn Lệ và Phó Đô đốc Nguyễn Viết Thành bị tử trận, còn Tham tán Phạm Chí Hương bị bắt.

Trước tình hình đó đã buộc triều đình Huế phải nhờ cậy đến Đề đốc Quảng Tây là Phùng Tử Tài mang 16 doanh quân (mỗi doanh có từ 200 đến 300 quân) sang phối hợp với quân triều đình Huế đánh đuổi. Nhà Nguyễn lại cử Vũ Trọng Bình làm Hà Ninh Tổng đốc kết hợp với Phùng Tử Tài mang 31 quân thứ (gần 1 vạn quân) đánh Ngô Côn, khôi phục được tỉnh Cao Bằng vào tháng 5 năm 1869.

Khi Ngô Côn vây hãm quân triều đình ở phủ Phú Bình thuộc tỉnh Thái Nguyên, Tán tương quân thứ Tôn Thất Thuyết, quyền đề đốc Nguyễn Văn Nhuận chia đường tiến đánh, lấy lại được phủ thành.[14] Đó cũng là lúc, để cùng phối hợp, Vũ Trọng Bình và Nguyễn Văn Tường ở Lạng Sơn liền bàn với Phùng Tử Tài tiến quân về Thái Nguyên, Bắc Ninh, Sơn Tây, Tuyên Quang để "cùng đánh một loạt cứ điểm sào huyệt của bọn phỉ".[14]

Bên cạnh quân chính quy của Mãn Thanh và Đại Nam thì đợt tiễu trừ lần này còn có vai trò to lớn của cánh quân Cờ đen của Lưu Vĩnh Phúc. Tháng 2 năm 1868 Lưu Vĩnh Phúc đã phối hợp với quân của triều đình Huế dẹp quân "Cờ Vàng", "Cờ Trắng" ở vùng Quảng Ninh, Lạng Sơn, Tuyên Quang và Bắc Ninh.

Năm 1869, quân Cờ đen phục kích đánh tan tác quân Cờ vàng tại Lào Cai, rồi truy quét Cờ vàng đến tận hang ổ tại Hà Giang. Phối hợp với quân Cờ đen là quân nhà Nguyễn và quân Thanh của tướng Phùng Tử Tài, quân Cờ vàng phải tháo chạy khỏi căn cứ Hà Giang. Tuy nhiên, do dịch bệnh và khí hậu khắc nghiệt nên quân Thanh phải rút về, quân Cờ vàng tiếp tục kiểm soát một vùng rộng lớn ở khoảng giữa sông Hồng đến biên giới, từ Lào Cai đến Sơn Tây.

Vào cuối năm Canh Ngọ (1870), sau khi thất bại ở Thất Khê, Cao Bằng, Ngô Côn đem quân rút chạy xuống Bắc Ninh và đem quân vây sát thành Bắc Ninh với khí thế rất mạnh.[14] Nhưng lần này Ngô Côn bị chỉ huy quân nhà Nguyễn là Ông Ích Khiêm bắn chết trong một trận giao chiến ở gần sông Đuống. Đó là lần chiến thắng vang dội nhất, từ sau chiến thắng đánh chiếm lại thành Cao Bằng do Vũ Trọng Bình, Nguyễn Hiên, Đinh Hội chỉ huy. Hai trận thắng cách nhau chỉ hai tháng.[14]

Sau khi dẹp được quân Ngô Côn, triều đình nhà Nguyễn đã cử nhiều quan lại như Võ Trọng Bình, Trần Đình Túc, Ông Ích Khiêm đến hội đàm với tướng Thanh là Phùng Tử Tài xung quanh vấn đề sự hiện diện của quân Thanh trên đất Đại Nam và buộc Phùng Tủ Tài phải gây sức ép lên quân Cờ đen của Lưu Vĩnh Phúc để nhóm quân này phải rút về Trung Quốc.

Khi Phùng Tử Tài đến Tuyên Quang theo như yêu cầu của Vũ Trọng Bình, Nguyễn Văn Tường, quân Thanh dưới quyền Phùng Tử Tài hội quân với quân Nam tại đấy. Quân Thanh đóng trại ở xã Linh Hồ, ngoài thành.[15] Phùng Tử Tài phàn nàn về vấn đề lương thực và đạn dược tiếp vận chậm. Để làm vừa lòng ông, Nguyễn Bá Nghi, Đào Trí liền bị vua Tự Đức cách chức.

Vua Tự Đức cũng gửi dụ ra mặt trận ngợi khen Vũ Trọng Bình, Nguyễn Văn Tường giỏi về ứng đối (với tướng nhà Thanh), cho chuyên sung việc hộ dẫn, theo bàn công việc mưu kế đánh dẹp, vỗ về.[15] Năm Tự Đức thứ hai mươi ba, Canh ngọ (1870), tại Lạng Sơn, tán tương Nguyễn Văn Tường theo sắc dụ của vua Tự Đức, sung làm khâm mạng đến đại bản doanh của tướng nhà Thanh Phùng Tử Tài để phúng điếu tổng trấn Quan Tùng Chi nhà Thanh mới chết bệnh và các chiến sĩ trận vong của họ với số tiền tượng trưng là 200 lạng bạc cùng nhiều lễ vật khác, đồng thời ông cũng uỷ lạo các doanh quân Thanh bằng số bạc 3000 lạng, để tiễn chân quân Thanh hợp lực tiễu phỉ về nước.[15]

Tháng Tư năm Tự Đức 23 (năm 1870), tình hình ở Bắc Kỳ tạm yên, Phùng Tử Tài được lệnh rút quân về nước. Tuy bị đánh lui khỏi Cao Bằng nhưng dư đảng của giặc "Cờ Vàng" vẫn còn rất mạnh, giữa năm 1871, giặc Cờ Vàng lại trỗi dậy mạnh mẽ, cướp bóc các tỉnh thượng du Bắc Kỳ ở vùng Tây Bắc. Phùng Tử Tài lại phụng mệnh lần thứ hai đem quân ra ngoài quan ải đánh dẹp nhưng chưa diệt được Hoàng Sùng Anh.

Năm 1875, Hoàng Sùng Anh lại câu kết với quân Pháp nổi lên quấy phá khắp nơi. Đạo viên Quảng Tây là Triệu Ốc được lệnh đưa quân đi đánh, quân Cờ đen mở chiến dịch quyết định đánh chiếm Hà Giang, phối hợp với họ không những là quân nhà Nguyễn mà cả quân Thanh từ Quảng Tây và Vân Nam. Hoàng Sùng Anh bị truy đuổi, bị bộ hạ làm phản, bị bắt rồi bị giết chết.